В логарифмическом масштабе для оси Y в scatter3D (Car) в R что-то похожее на сгенерированное в Excel? - PullRequest
Новая
       22

В логарифмическом масштабе для оси Y в scatter3D (Car) в R что-то похожее на сгенерированное в Excel?

0 голосов
/ 10 ноября 2018

Я пытаюсь настроить ось Y, чтобы она была в масштабе Log2 или Log10 в scattter3D, но я не смог этого сделать. Есть ли способ построить масштаб Log для оси Y, сохранив исходные значения, как в Excel?

Вот выдержка из кода и график, который я получаю. Однако мне удалось построить только линейный масштаб.

Код: С помощью этого кода я могу только создать линейный масштаб оси Y. 

library(plot3D)
library(car)
setwd("~/Documents/Second_paper/Stats/3D_figures")
my_table <- read.csv("M15_3D_halfmedia.csv", header=TRUE)

# Create Matrixes
Time <- my_table[,1]
Od <- my_table[,3]
pH <- my_table[,4];pH
Media <- my_table[,2]
class(Media)
Media

# Confidence interval
# CI <- list(z = matrix(nrow = length(Time),
#                       data = rep(0.05, 2*length(Time))))
#Insert confidence interval standard error
standard_errors <- my_table$SE_OD #enter the list of standard errors
width <- 2*standard_errors
width_mat <- rbind(width,width)
width_mat <- t(width_mat)
CI <- list(z = width_mat)

#Create color palette
cbPalette <- c("#003366", "#FF3399", "#56B4E9", "#FF3333", "#3300CC",    "#009E73", "#F0E442")

#Create 3d plot
s3d<- scatter3D(Time, pH, Od, pch=16, type="h", nticks = 8, 
                bty="b2", theta = 45, phi = 25,  
                colvar = as.integer(Media),
                col = cbPalette,
                ticktype="detailed",
                colkey = list(side = 1, 
                              addlines = TRUE, length = 0.5, width = 0.5),
                xlab="Time", ylab="pH", zlab="OD600", CI=CI)

График: так выглядит график с осью Y в линейном масштабе. Тем не менее, я хотел преобразовать его в лог-масштаб, как это сделано в Excel. Маркировка была изменена в иллюстраторе.

Спасибо

graph

...