Исходя из ожидаемого результата, его можно создать, создав другую группу с логическим вектором, созданным в 'svalue'
library(data.table)
setDT(dfx)[svalue != 0, svalue := seq_len(.N), .(cumsum(svalue == 1), YEAR, MONTH)]
dfx
# YEAR MONTH DAY PCP SPELL svalue
#1: 1950 12 28 0.0 DRY 1
#2: 1950 12 29 11.7 WET 0
#3: 1950 12 30 0.0 DRY 1
#4: 1950 12 31 0.0 DRY 2
#5: 1951 1 1 0.0 DRY 1
#6: 1951 1 2 0.0 DRY 2
#7: 1951 1 3 20.3 WET 0
Или с помощью run-length-id
из 'SPELL'
setDT(dfx)[, svalue := seq_len(.N) * (svalue != 0), .(rleid(SPELL), YEAR, MONTH)]
данные
dfx <- structure(list(YEAR = c(1950L, 1950L, 1950L, 1950L, 1951L, 1951L,
1951L), MONTH = c(12L, 12L, 12L, 12L, 1L, 1L, 1L), DAY = c(28L,
29L, 30L, 31L, 1L, 2L, 3L), PCP = c(0, 11.7, 0, 0, 0, 0, 20.3
), SPELL = c("DRY", "WET", "DRY", "DRY", "DRY", "DRY", "WET"),
svalue = c(1L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 0L)), class = "data.frame",
row.names = c(NA, -7L))