Поместите файл sapjco3.jar в путь классов вашего сервера веб-приложений.
Я не рекомендую помещать его в архив вашего веб-приложения (.ear / .war), поскольку файл sapjco3.jar может быть загружен только один раз из-за его зависимости от собственных общих библиотек, которые могут быть загружены только один раз. В противном случае, если поместить его в архив веб-приложения, первый вызов вашего приложения будет успешным, но после загрузки вашего приложения или других приложений, которые также используют JCo, не будет работать. В этом случае инициализация JCo не удастся, потому что собственная общая библиотека sapjco3.dll / libsapjco3.so не может быть загружена дважды.