Откройте WebAdmin в ejabberd -> vhost -> Shared Roster Groups -> и создайте группу "отдела1" с отображаемыми группами: отдел1.
Затем вы можете добавить учетные записи в эту группу, вызвав эту команду, например:
$ ejabberdctl srg_user_add user1 localhost department1 localhost
Попробуйте, убедитесь, что все работает, как хотите, и позже вы увидите, как вызывать эту команду с помощью PHP. Если вы включите ejabberd_xmlrpc, вы можете делать запросы XML-RPC к ejabberd. Или, если вы устанавливаете mod_rest (из git-репозитория ejabberd-contrib), вы можете использовать вызовы ReST.