Отличный вопрос.
База данных типов ячеек содержит две группы наборов данных - большие наборы ячеек только для транскриптомики (см. http://celltypes.brain -map.org / download ) и один большой набор ячеек.с электрофизиологией, некоторые из которых также имеют морфологию (http://celltypes.brain -map.org / data ).Подробная информация об обзоре экспериментов и методах, использованных в этих исследованиях, доступна в виде технической документации в разделе «Документация» (http://help.brain -map.org / display / celltypes / Documentation ).
ПримерКлетка в вашем вопросе имеет электрофизиологию и морфологию, но не имеет транскриптомики, поэтому она по своей природе не относится к транскриптомному кластеру.
В настоящее время AllenSDK поддерживает загрузку метаданных для клеток электрофизиологии-морфологии, но не для ячеек, предназначенных только для транскриптомики.Вы можете скачать метаданные этих ячеек в виде файлов CSV.Если вы хотите получить доступ к метаданным транскриптомики из AllenSDK вместо плоских файлов CSV, создайте проблему на трекере проблем AllenSDK (https://github.com/alleninstitute/allensdk/issues).
Хорошие новости - через пару днеймы будем публиковать кластерные назначения для большей части данных, которые вы видите здесь (http://celltypes.brain -map.org / data ), включая набор данных зрительной коры мыши, который будет включать в себя гораздо больше ячеек для некоторых наборов данныхВы сможете загрузить эти данные, включая назначения кластеров и метаданные, в виде файлов CSV.
Обратите внимание, что данные визуальной коры мыши, доступные в базе данных типов ячеек, представляют собой другой набор ячеек (и методологию профилирования) изданные из тематического исследования по клеточной таксономии.
Спасибо за ваш вопрос!