Получение данных микрочипа по координатам MNI - PullRequest
Новая
       15

Получение данных микрочипа по координатам MNI

0 голосов
/ 20 февраля 2019

Как я могу написать запрос в RESTful, чтобы получить данные микромассива человека по MNI координате?

Я бы хотел получить CSV всех уровней экспрессии генов, измеренных в микроматрице, в пределахобъем пространства MNI.Или по структуре, но с координатой MNI каждый образец микромассива получен.

1 Ответ

0 голосов
/ 20 февраля 2019

Они представлены в заархивированных электронных таблицах, которые вы можете скачать здесь:

http://human.brain -map.org / static / download

Есть mni_x,mni_y и mni_z столбцы в электронной таблице образцов.

Через RMA вы можете загрузить аффинное преобразование T1-> MNI для данного донора (например, имя H0351.2001, id 9861) следующим образом:

http://api.brain-map.org/api/v2/data/Specimen/query.xml?criteria=[name$eq'H0351.2001']&include=alignment3d

Возвращение может быть преобразовано в матрицу, подобную этой (синтаксис MATLAB): 

M = [ x.tvr_00 x.tvr_01 x.tvr_02 x.tvr_09;
      x.tvr_03 x.tvr_04 x.tvr_05 x.tvr_10;
      x.tvr_06 x.tvr_07 x.tvr_08 x.tvr_11 ];

Затем вы можете взять координаты T1 XYZ сэмпла, предварительно умножив их на эту матрицу, и вы получите грубые координаты MNI.

...