Вы можете использовать Счетчик :
from collections import Counter
data = {'VSS': ['A2', 'A3', 'A1'], 'X_P1_1': ['A2', 'A1'], 'X_P2': ['A3', 'A2'], 'X_P1_3': ['A2', 'A1'], 'VDD': ['A3', 'A3', 'A3', 'A3', 'A3', 'A3', 'A3', 'B', 'A3'], 'X': ['B', 'A1', 'A1', 'A1', 'A1', 'A1', 'A1', 'A1', 'B', 'A1']}
result = {key : { e: count for e, count in Counter(values).items() if count > 1} for key, values in data.items() if any(value > 1 for value in Counter(values).values())}
print(result)
выход
{'VDD': {'A3': 8}, 'X': {'B': 2, 'A1': 8}}
Или, если вы предпочитаете значения в виде списка кортежей:
from collections import Counter
data = {'VSS': ['A2', 'A3', 'A1'], 'X_P1_1': ['A2', 'A1'], 'X_P2': ['A3', 'A2'], 'X_P1_3': ['A2', 'A1'],
'VDD': ['A3', 'A3', 'A3', 'A3', 'A3', 'A3', 'A3', 'B', 'A3'],
'X': ['B', 'A1', 'A1', 'A1', 'A1', 'A1', 'A1', 'A1', 'B', 'A1']}
result = {key: [(element, count) for element, count in counts.items() if count > 1] for key, counts in map(lambda x: (x[0], Counter(x[1])), data.items()) if
any(count > 1 for count in counts.values())}
print(result)
выход
{'VDD': [('A3', 8)], 'X': [('A1', 8), ('B', 2)]}