Общий ответ: все, что работает для вас, работает.
У нас есть большой репозиторий git, и пользователи с eclipse и intellij.
Некоторые пользователи IDE используют определенные плагины, такие как Egit, другие просто используют поддержку «по умолчанию», с которой поставляется большинство IDE. Такие пользователи просто переходят в командную строку или, может быть, какой-то другой сторонний инструмент.
Лично я полагаюсь только на IDE, чтобы показать мне историю файла, а иногда и быстро перейти к ревизиям. Все остальное, что я делаю в командной строке.
С этой точки зрения, как сказано: все, что работает для вас, работает для вас. Вы можете использовать eclipse для управления аспектами git-репозитория, но это не обязательно.
Лично я предлагаю сначала получить хорошую книгу по git, а затем подробно изучить инструменты командной строки. Вы также, кажется, путаетесь между обязанностями вашей IDE и вашей системой управления исходным кодом.