По большей части эти вспомогательные функции должны «просто» работать. Вы можете загрузить модули Chocolatey PowerShell в текущий сеанс PowerShell и использовать вспомогательные функции.
На самом деле, существует шоколадное расширение, которое делает именно это, чтобы помочь с созданием шоколадных пакетов:
https://chocolatey.org/packages/chocolateypowershell
Однако следует отметить, что некоторые переменные и другие элементы, используемые в этих функциях PowerShell, могут быть неправильно установлены при выполнении самого Chocolatey. После выполнения Chocolatey фактически создает свой собственный хост PowerShell и настраивает его так, как это необходимо для успешного выполнения. Может быть так, что прямая загрузка модулей PowerShell не настраивает все, что требуется для того, чтобы все вещи работали точно так, как они предназначены.
Сказав это, более простые вспомогательные функции, например упомянутый вами Install-ChocolateyPinnedTaskBarItem, должны нормально работать.