multiqc на RSeQC clipping_profiles - PullRequest
Новая
       42

multiqc на RSeQC clipping_profiles

0 голосов
/ 12 ноября 2018

Следующий код snakemake не может выдать вывод multiqc, хотя он работает для других инструментов RSeQC, включая geneBody_coverage, junction_saturation и read_distribution (здесь для ясности удалено) 

rule rseqc_cliping_profile:
    """
    Run RSeQC on merged bam files
    """
    input:
        bam = "results/mappings/{smp}_mappings.bam"
    output:
        pdf3 = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.R1.pdf",
        pdf4 = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.R2.pdf",
        xls = "results/rseqc2/{smp}.clipping_profile.xls"
    shell: """
        mkdir -p intermediate/rseqc2
        # Run clipping_profile.py
        clipping_profile.py -i {input.bam} \
        -q 30 \
        -s PE \
        -o intermediate/rseqc2/{wildcards.smp} \
        && cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.R1.pdf {output.pdf3} \
        && cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.R2.pdf {output.pdf4} \
        && cp -f intermediate/rseqc2/{wildcards.smp}.clipping_profile.xls {output.xls}
        """

Есть идеи о том, что я делаю неправильно? Спасибо

результаты в промежуточном / rseqc2 являются такими (S12 только здесь): 

S12.clipping_profile.r
S12.clipping_profile.R1.pdf
S12.clipping_profile.R2.pdf
S12.clipping_profile.xls

multiqc -f -i "RSeQC" -o intermediate/multiqc_rseqc2 -n multiqc_rseqc2 intermediate/rseqc2

[INFO   ]         multiqc : This is MultiQC v1.6
[INFO   ]         multiqc : Template    : default
[INFO   ]         multiqc : Report title: RSeQC
[INFO   ]         multiqc : Searching 'intermediate/rseqc2'
[WARNING]         multiqc : No analysis results found. Cleaning up..
[INFO   ]         multiqc : MultiQC complete

Это не проблема змеиной магии!

Несмотря на то, что clipping_profile находится в моей конфигурации multiqc yaml, кажется, что не подходит для поиска данных clipping_profile для печати.

Файл xls на самом деле является замаскированным tsv-файлом; переименование их .txt или .tsv не улучшает шансы

??

1 Ответ

0 голосов
/ 15 ноября 2018

Документация MultiQC по поддержке RSeQC показывает, что MultiQC не поддерживает этот конкретный инструмент (clipping_profile), но поддерживает другие упомянутые вами.

...