TraMineR refseq - PullRequest
Новая
       13

TraMineR refseq

0 голосов
/ 12 ноября 2018

Я использую функцию seqdist из пакета TraMineR.

Сначала я рассчитываю на 2 траектории в seq.all: 

seqdist(seq.all[1:2,], method="OM", indel=1.1, sm=couts)


         [,1]     [,2]
[1,]  0.00000 46.91843
[2,] 46.91843  0.00000

Таким образом, расстояние между этими траекториями составляет 46,91843.

Но когда я использую аргумент refseq: 

seqdist(seq.all[1,], method="OM", indel=1.1, sm=couts,refseq = seq.all[2,])

[1] 60.32636

Теперь расстояние между этими траекториями составляет 60,32636.

Что за хитрость?

1 Ответ

0 голосов
/ 12 ноября 2018

Вы получаете расстояния от всех последовательностей до одной из последовательностей рассматриваемого объекта последовательности, передавая индекс последовательности в качестве аргумента refseq. Таким образом, вы можете получить расстояние между двумя последовательностями с помощью 

seqdist(seq.all, method="OM", sm=couts, indel=1.1, refseq=2)[1]

Тем не менее, ваш код тоже должен работать и обеспечивать то же значение.

Это ошибка, которая может возникнуть, когда последовательность refseq передается как объект последовательности. Мы исправим это и сделаем новую версию доступной в ближайшие дни на R-Forge.

...