Список файлов в качестве входного аргумента для скрипта bash - PullRequest
Новая
       5

Список файлов в качестве входного аргумента для скрипта bash

0 голосов
/ 10 сентября 2018

У меня есть список файлов: 

path/dir/*.gz

И я хочу предоставить этот список файлов в качестве входных данных в моем bash-скрипте вместе с другими аргументами, связанными с анализом (то есть выходной папкой и количеством потоков). 

./myscript.sh path/dir/*.gz output_path 2

myscript.sh включает в себя следующую команду: 

fastqc $1 -o $2 -t $3 --noextract -d ./

Программа fastqc может в несколько потоков запускать список входных файлов. Я использую этот скрипт в кластере SGE, поэтому использую команду "qsub". И я запустил его следующим образом: 

qsub ./myscript.sh path/dir/*.gz output_path 2

Однако это не работает. Кто-то знает почему и может предложить решение? Насколько я понимаю, я испортил список входных файлов в качестве аргумента.

1 Ответ

0 голосов
/ 10 сентября 2018

Ваша проблема в том, что подстановочный знак расширяется до отдельных имен файлов с помощью оболочки до запускаемого вами сценария.

Вот несколько стратегий:

  1. выберите последние 2 аргумента из списка: 

    #!/bin/bash

if (( $# < 3 )); then
    echo not enough arguments
    exit 1
fi

# threads is the last argument
n=$#
threads=${!n}

# output_path is the 2nd-last argument
((n--))
output_path=${!n}

# discard the last 2 arguments
((n--))
set -- "${@:1:n}"

# now "$@" is the list of input files.
for file in "$@"; do
    fastqc "$file" -o "$output_path" -t "$threads" --noextract -d ./
done

    При этом используются "косвенные переменные" (${!n}) для извлечения значения позиционного параметра для числа $ n.

  2. использовать параметры командной строки для указания пути вывода и количества потоков: 

    #!/bin/bash
while getopts :o:t:h opt; do
    case $opt in
        h) show_help; exit ;;
        o) output_path=$OPTARG ;;
        t) threads=$OPTARG ;;
        *) exit ;; # some error
    esac
done

if [[ -z $output_path ]]; then
    echo error message
    exit 1
fi
if [[ -z $threads ]]; then 
    echo error message
    exit 1
fi
# other validations, like $threads is a sensible whole number

shift $((OPTIND - 1))

# now "$@" is the list of input files.
for file in "$@"; do
    fastqc "$file" -o "$output_path" -t "$threads" --noextract -d ./
done

Я не знаю fastqc, но если он может принимать несколько входных файлов, тогда вместо цикла выполните 

fastqc "$@" -o "$output_path" -t "$threads" --noextract -d ./
...