Я не думаю, что вы найдете какое-либо существующее программное обеспечение, которое отображает FLAC в транспортный поток MPEG-2.Это дает вам представление о том, с какими проблемами вы сталкиваетесь: https://xiph.org/flac/ogg_mapping.html
Допустим, вы придумали разумный способ отображения FLAC в транспортный поток MPEG-2 - там ничего не будет читать.
Если не существует определенного способа отображения FLAC в Tranport Stream MPEG-2 - вы сами по себе.
Но PCM поддерживается в транспортном потоке MPEG-2 (например,Блю рей).Я бы использовал ffmpeg для перекодирования вашего аудио из FLAC в PCM, а затем передавал его в ваш транспортный поток.Ваш аудио транскод (FLAC to PCM) без потерь.