Да, ffmpeg должен уметь выполнять транскодирование.Убедитесь, что вы создали свой ffmpeg с поддержкой как AMR, так и H.264 / AAC, и тогда вы сможете конвертировать, используя команду, подобную этой:
ffmpeg -i input.mov -y -vcodec libx264 -vpre medium -vpre baseline -acodec libfaac output.mp4
Этот mp4 должен играть как на Android, так и на Android.iphone.