Установка пакета OpenMx в R на Ubuntu 18.04LTS - PullRequest
Новая
       28

Установка пакета OpenMx в R на Ubuntu 18.04LTS

0 голосов
/ 20 января 2019

Я получаю следующую ошибку при попытке установить (install.packages("OpenMx")) OpenMx в R на Ubuntu 18.04. Я не знаком с компиляцией кода на C, поэтому я прошу вас немного ошарашить меня. 

Installing package into ‘/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/OpenMx_2.12.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3338967 bytes (3.2 MB)
==================================================
downloaded 3.2 MB

* installing *source* package ‘OpenMx’ ...
** package ‘OpenMx’ successfully unpacked and MD5 sums checked
NOTE: ./configure is not an autoconf generated script.
Change default C/C++ compiler and default compile flags by editing ~/.R/Makevars
** libs
g++ -std=gnu++11 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG  -I"/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/Rcpp/include" -I"/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/RcppEigen/include" -I"/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/StanHeaders/include" -I"/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/BH/include" -I"/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rpf/include"   -fopenmp     -I. -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-i39faS/r-base-3.5.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Compute.cpp -o Compute.o
In file included from omxState.h:31:0,
                 from glue.h:23,
                 from Compute.cpp:24:
omxDefines.h:247:10: fatal error: Eigen/Core: No such file or directory
 #include <Eigen/Core>
          ^~~~~~~~~~~~
compilation terminated.
/usr/lib/R/etc/Makeconf:171: recipe for target 'Compute.o' failed
make: *** [Compute.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘OpenMx’
* removing ‘/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/OpenMx’
* restoring previous ‘/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/OpenMx’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘OpenMx’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpbljrRR/downloaded_packages’

Обновление 1

Похоже, что ошибка может быть результатом того, что пакет RcppEigen не установлен. Когда я пытаюсь установить пакет, я получаю 10000 строк сообщений об ошибках. Вот первый: 

g++  -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG  -I"/home/adam/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/Rcpp/include"   -I../inst/include -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-i39faS/r-base-3.5.2=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c RcppEigen.cpp -o RcppEigen.o
In file included from ../inst/include/Eigen/Core:392:0,
                 from ../inst/include/Eigen/Dense:1,
                 from ../inst/include/RcppEigenForward.h:30,
                 from ../inst/include/RcppEigen.h:25,
                 from RcppEigen.cpp:22:
../inst/include/Eigen/src/Core/arch/SSE/PacketMath.h:60:39: warning: ignoring attributes on template argument ‘__m128 {aka __vector(4) float}’ [-Wignored-attributes]
 template<> struct is_arithmetic<__m128>  { enum { value = true }; };

Обновление 2

Я успешно установил RcppEigen, но OpenMx все равно не скомпилируется. Ошибка only находится в конце очень длинного (тысячи строк) потока предупреждений компиляции. Ошибка: ERROR: compilation failed for package 'OpenMx'

1 Ответ

0 голосов
/ 23 января 2019

Что-то здесь не так, и вы не помогаете, показывая только частичный вывод.

Для начала, пакет явно зависит от других двоичных пакетов , но вы не сказали нам, если ониустановлены или нет. Если у вас были более ранние ошибки, которые вы не отображали , то, проще говоря, у вас нет шансов установить OpenMX.

Поэтому я бы сделал следующее: убедитесь, что установлены все пакеты по ссылке выше и под Imports: и LinkingTo:.Проверьте это, загрузив их один за другим с помощью, например, library(Rcpp).

. Если и когда выполнены все требования , попробуйте установить OpenMX и обновить свои вопросы, чтобы получить соответствующие сообщения об ошибках.если есть.Но вкратце приведенный выше комментарий о пакете libeigen3-dev полностью вводит в заблуждение, поскольку RcppEigen не использует этот пакет.

Наконец, список r-sig-debian дружелюбен и терпелив, и в нем есть место для вопросов по Debian / Ubuntu..

Редактировать: На основе редактирования OP, один ярлык может быть sudo apt-get install r-cran-rcppeigen.

...