не могу установить пакет OpenMx в R

Question

Я использую R версии 3.5 на Mac. Когда я пытаюсь установить OpenMx

install.packages("OpenMx")

в конечном итоге происходит сбой после нескольких предупреждающих сообщений.

Сначала предупреждающее сообщение было

xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun

и обнаружил, что это можно обработать, запустив

xcode-select --install

на терминале.

Когда я пытался установить OpenMx после установки xcode,

последние несколько строк сообщений:

optimize.c:35:15: warning: unused function 'f_bound' [-Wunused-function]
static double f_bound(int n, const double *x, void *data_)
              ^
optimize.c:51:15: warning: unused function 'f_noderiv' [-Wunused-function]
static double f_noderiv(int n, const double *x, void *data_)
              ^
optimize.c:57:15: warning: unused function 'f_direct' [-Wunused-function]
static double f_direct(int n, const double *x, int *undefined, void *data_)
              ^
optimize.c:79:21: warning: unused function 'initial_step' [-Wunused-function]
static nlopt_result initial_step(nlopt_opt opt, const double *x, double *step)
                    ^
optimize.c:101:12: warning: unused function 'finite_domain' [-Wunused-function]
static int finite_domain(unsigned n, const double *lb, const double *ub)
           ^
5 warnings generated.
clang -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/Rcpp/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/RcppEigen/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/StanHeaders/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/BH/include" -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/rpf/include" -I/usr/local/include   -fPIC  -Wall -g -O2  -c options.c -o options.o
gfortran   -fPIC  -g -O2  -c sadmvn.f -o sadmvn.o
make: gfortran: No such file or directory
make: *** [sadmvn.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘OpenMx’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/OpenMx’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘OpenMx’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/f8/y98w5w9n3yz3sq2pthhw35xm0000gn/T/RtmpJtQ01E/downloaded_packages’

Есть ли способ это исправить?

Answer 1

install.packages ("OpenMx") должен работать только на всех платформах под R 3.5 Возможно, вы пытались до того, как CRAN завершил выпуск новых бинарных сборок для всех платформ. Теперь попробуй еще раз.

Если вы хотите собрать из исходного кода ( не обязательно ), вам нужно установить весь набор инструментов MacOS для R> = 3.4 при условии в CRAN .

Answer 2

Это ключевое сообщение об ошибке:

make: gfortran: Нет такого файла или каталога

Вам необходимо установить gfortran компилятор.Вы можете найти компиляторы и инструкции по загрузке / установке здесь: https://gcc.gnu.org/wiki/GFortranBinaries.

(Примечание: это решение также предоставляется в ответ на другой пакет R, здесь .)