Вы не можете одновременно использовать Identity и Windows Auth.Лучшее, что вы можете сделать, это попытаться авторизовать пользователя через соединение LDAP с вашим сервером AD.Короче говоря, пользователю все равно потребуется явный вход, но он может использовать для этого свои учетные данные домена.
Ситуация немного лучше, если вы реализуете IdentityServer.Это немного больше усилий, но в будущем оно может принести дивиденды от наличия централизованной службы аутентификации (позволяющей вам обслуживать API, мобильные приложения и т. Д.).IdentityServer может обрабатывать проверку подлинности Windows, но он обрабатывает его как внешнего поставщика входа, такого как Google, Facebook и т. Д. У вас будет кнопка или что-то еще, чтобы войти в систему через Windows, а затем он будет без проблем авторизовать пользователя.См. IdentityServer docs для получения дополнительной информации об этой настройке.