ресурс и префикс не связаны между собой. Для работы с префиксами есть интерфейс org.apache.jena.shared.PrefixMapping. Любая модель (org.apache.jena.rdf.model.Model) расширяет PrefixMapping. Также график (org.apache.jena.graph.Graph) обеспечивает доступ к PrefixMapping.
Чтобы получить префикс из uri, можно использовать метод PrefixMapping # getNsURIPrefix (String). Чтобы получить URI из ресурса, существует метод #getURI, который возвращает ноль, если это анонимный ресурс.
PrefixMapping # getNsURIPrefix (String) вернет последний добавленный префикс, который не гарантирует, что он был связан с ресурсом.
ЦСИ: https://jena.apache.org/documentation/javadoc/jena/org/apache/jena/shared/PrefixMapping.html#getNsURIPrefix-java.lang.String-