Плагины протоколов Maven и Gradle создают все прототипы в каталоге src/main/proto (и src/test/proto и т. Д.). Так что просто добавьте свои протосы в каталог examples/src/main/proto, и он будет сгенерирован как часть обычного процесса сборки.
Обратите внимание, что вы можете поместить файлы .proto в подкаталоги, соответствующие их имени пакета. Так что если у прото есть package example, его можно поместить в examples/src/main/proto/example/.