Выполните Plink для нескольких файлов VCF в одном каталоге с помощью терминала MacOS

Question

В настоящее время у меня есть несколько файлов VCF, которые я конвертирую в формат plink. Я делаю это, запустив plink из терминала со следующими параметрами.

. / Plink --vcf BH4_F3_F2.g.vcf.gz --recode --const-fid --allow-extra-chr --out BH4_F3_F2

Мне, однако, нужно запустить эту команду примерно на 100 с разными именами например, BH4_F3_F2.g.vcf.gz BH4_F2_F1.g.vcf.gz

Есть ли способ сделать это, не выполняя каждый по отдельности?

Answer 1

Проверьте синтаксис цикла for. Что-то вроде

for vcf in *vcf
do
    ./plink --vcf "$vcf" --recode --const-fid --allow-extra-chr --out "$vcf.plink"
done