Сохранение фиксированных высот при составлении списка ggplot вместе - PullRequest
Новая
       74

Сохранение фиксированных высот при составлении списка ggplot вместе

0 голосов
/ 13 ноября 2018

Я создаю list из ggplot тепловых карт, которые имеют одинаковое количество строк, но разное количество столбцов и разную длину их меток тика оси X: 

plot.list <- vector(mode="list",length(3))
n.cols <- c(600,30,300)
x.labs <- c("medium","this is a long label","sh")
library(ggplot2)

for(i in 1:3){
  set.seed(1)
  df <- reshape2::melt(matrix(rnorm(100*n.cols[i]),100,n.cols[i],dimnames = list(paste0("G",1:100),paste0("S",1:n.cols[i]))))
  plot.list[[i]] <- ggplot(data=df,mapping=aes(x=Var2,y=Var1,fill=value))+
    geom_tile()+theme_minimal()+scale_fill_gradient2(name="Scaled Value",low="darkblue",mid="gray",high="darkred")+
    scale_x_discrete(name=NULL,breaks=unique(df$Var2)[floor(length(unique(df$Var2))/2)],labels=x.labs[i])+
    scale_y_discrete(name=NULL)+
    theme(legend.position=NULL,axis.title.x=element_blank(),axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0.5))
  if(i != 1) plot.list[[i]] <- plot.list[[i]]+theme(axis.text.y=element_blank())
  if(i != 3) plot.list[[i]] <- plot.list[[i]]+theme(legend.position = "none")
}

Затем я хочу объединить их по горизонтали с очень маленьким полем, разделяющим их, и иметь их ширину относительно числа столбцов.

Пытаясь добиться этого, используя gridExtra 'arrangeGrob: 

gridExtra::arrangeGrob(grobs=plot.list,ncol=length(plot.list),widths=n.cols,padding=0.01)

Или с cowplot plot_grid: 

cowplot::plot_grid(plotlist=plot.list,align="v",axis="tb",ncol=length(plot.list),rel_widths=n.cols)

дает мне: enter image description here

Итак, мои вопросы:

  1. Как сделать так, чтобы они имели одинаковую высоту и чтобы метки оси X расширялись вниз на разную длину?
  2. Уменьшить расстояние между ними? Я попытался уменьшить значение padding, но не увидел изменений

Обратите внимание, что я знаю, что использование facet_grid может быть очевидным способом создания этого в первую очередь, но мне специально нужно сначала создать список графиков, а только потом объединять их.

1 Ответ

0 голосов
/ 14 ноября 2018

И egg:ggarrange, и cowplot::plot_grid() могут сделать это.

Что касается ответа 1, попробуйте: 

library(egg)
plot1 <- plot.list[[1]]
plot2 <- plot.list[[2]]
plot3 <- plot.list[[3]]
ggarrange(plot1, plot2, plot3, ncol = 3, widths = c(600,30,300)) #originally had the 20,3,10, but I don't think it scales right.

Что касается 2, вы можете заранее установить plot.margins и расположить, как раньше. 

plot1 <- plot.list[[1]] + theme(plot.margin = margin(1,0,1,1)) # order is top, right, bottom, left. Go negative if you want them to touch.
plot2 <- plot.list[[2]] + theme(plot.margin = margin(1,0,1,0))
plot3 <- plot.list[[3]] + theme(plot.margin = margin(1,1,1,0))
ggarrange(plot1, plot2, plot3, ncol = 3, widths = c(600,30,300))

plot_grid даст вам то же изображение, что и ниже. 

cowplot::plot_grid(plot1, plot2, plot3, ncol = 3, axis = "b", align = "h", rel_widths = c(600,30,300))

...