В MNE-Python:
import numpy as np
import mne
edf = mne.io.read_raw_edf('your_edf_file.edf')
header = ','.join(edf.ch_names)
np.savetxt('your_csv_file.csv', edf.get_data().T, delimiter=',', header=header)
Полученный CSV-файл будет большим! Первая строка - это «заголовок» и содержит названия каждого канала. Каждая следующая строка представляет собой момент времени с напряжением, записанным на каждом канале.