Я использую только Черепаху, но чтобы отключить обновления, вы можете просто щелкнуть правой кнопкой мыши в проводнике -> Настройки -> Снять флажок Автоматически проверять новые версии каждую неделю.
Вы просмотрели настройки Ankh и Subclipse, чтобы увидеть, есть ли у них аналогичная опция?