Doxygen, в некоторой степени производный от JavaDoc, в некоторой степени ориентирован на классы. Таким образом, документированные элементы, которые не являются членами класса, должны быть членами что-то , чтобы они появлялись в документации.
Вы можете сделать их членами задокументированного файла (для этого необходимо документировать файл, в котором они появляются), документированного пространства имен или добавить их в существующий модуль / группу документации с помощью \addtogroup и аналогичных инструментов документирования. .
Это не обязательно плохо. Модули документации очень полезны для выделения связанных функций / классов. И документирование файлов и пространств имен также хорошо, так что пользователи могут видеть список того, что является частью каждого файла или пространства имен.