Вы можете создать разреженную матрицу, используя пакет Matrix.Матричное / векторное умножение может быть быстрее в этом случае.Например:
library(Matrix)
library(tictoc)
set.seed(123)
v <- sample(1e4)
m <- Matrix(sample(c(0, 1), length(v) ^ 2, T, c(.99, .01)),
length(v), length(v), sparse = F)
sm <- Matrix(m, sparse = T)
tic("dense")
x <- m %*% v
toc()
#> dense: 0.094 sec elapsed
tic("sparse")
y <- sm %*% v
toc()
#> sparse: 0.006 sec elapsed