R: Матричная алгебра в R: присвоить значения пустой матрице из другой матрицы и таблицы - PullRequest
Новая
       129

R: Матричная алгебра в R: присвоить значения пустой матрице из другой матрицы и таблицы

0 голосов
/ 21 июня 2020

У меня есть разреженная матрица присутствия и отсутствия видов на многих участках, т.е. матрица участков по матрице видов. У меня также есть другая таблица видов, сгруппированных в кластеры.

Я хотел бы иметь новую матрицу (также матрицу участков x видов), которая фиксирует количество каждого вида в кластере.

У меня есть для l oop, который может выполнять эту работу, но моя исходная матрица очень большая, состоящая из нескольких тысяч строк и столбцов, и для l oop будет дорого в вычислительном отношении. Есть идеи, как добиться этого, используя матричную алгебру или что-то более элегантное?

Мой набор данных организован следующим образом: 

# 1. Species grouped in clusters

memb <- c(1,2,3,4,2,5)
names(memb) <- c("s1", "s2", "s3", "s4", "s5", "s6")
 

# 2. Number of clusters

z <- length(unique(memb))
z

[1] 5


# 3. Community matrix of species presence-absence across sites
d <- data.frame(grids=c("v1", "v1", "v2", "v2", "v3", "v3", "v3", 
                         "v1", "v3", "v4", "v2", "v1", "v4", "v3"),
                 sp=c("s1", "s3", "s2", "s3", "s1", "s2", "s3", 
                           "s4", "s4", "s4", "s5", "s6", "s5", "s5"))
M <- as.data.frame.matrix(table(d$grids, d$sp))

library(Matrix)
M <- Matrix(as.matrix(M), sparse=TRUE)
M

4 x 6 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
   s1 s2 s3 s4 s5 s6
v1  1  .  1  1  .  1
v2  .  1  1  .  1  .
v3  1  1  1  1  1  .
v4  .  .  .  1  1  .

# 4. create empty matrix collapsed proportional to the original diversity.
cluster_comm <- Matrix(0, dim(M)[[1]], z)
tmp_comm <- Matrix(0, dim(M)[[1]], dim(M)[[2]])
rownames(cluster_comm) <- rownames(M)
rownames(tmp_comm) <- rownames(M)
colnames(tmp_comm) <- names(memb)[order(memb, decreasing = FALSE)]
colnames(cluster_comm) <- colnames(M)[1:z]

# 5. For loop to add species to reduced empty matrix based on group membership
for (m in 1:dim(M)[[1]]) {
  tmp_comm[m, ] <- as.numeric(M[m, names(memb)[order(memb,decreasing = FALSE)]])
  for (i in 1:z) {
    names <- names(memb)[memb == i]
    cluster_comm[m, i] <- sum(tmp_comm[m, names])
    colnames(cluster_comm)[i] <- names[[1]]
  }
}

# Expected outcome
cluster_comm

4 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
   s1 s2 s3 s4 s6
v1  1  .  1  1  1
v2  .  2  1  .  .
v3  1  2  1  1  .
v4  .  1  .  1  .

Ответы [ 2 ]

1 голос
/ 21 июня 2020

Начиная с шага 3, уродливое решение, которое может быть несколько быстрее. Не уверен, имеет ли смысл merge в вашем случае, проверьте это на больших данных. Изменение M на data.table также может повысить производительность. 

library(magrittr)
library(reshape2)
M <- as.data.frame.matrix(table(d$grids, d$sp))

M %>% cbind(.,rw = rownames(.)) %>%
      melt %>%
      merge(.,
             (memb %>% 
                   melt %>% 
                   cbind(., gr = rownames(.))), by.x = 'variable',
              by.y = 'gr',
              all.x = T) %>%
       dcast(., rw ~ value.y , value.var = 'value.x', fun.aggregate = sum )

Должно вернуть: 

Using rw as id variables
  rw 1 2 3 4 5
1 v1 1 0 1 1 1
2 v2 0 2 1 0 0
3 v3 1 2 1 1 0
4 v4 0 1 0 1 0

Разреженная матрица:

Предполагая, что M является разреженным матрица, 

library(data.table)
m2 <- as(M, "dgTMatrix")
dt2 <- data.table(row=m2@i+1, col=m2@j+1, value=m2@x)

#either match names of memb with cols, or the other way around..
names(memb) %<>% gsub('s','',.) 

dt2 %>% merge(., 
              memb %>%
                   melt %>%
                   cbind(., rw = rownames(.) %>% as.numeric),
              by.x = 'col',
              by.y = 'rw', 
              all.x=T ) %>% 
        dcast(., row ~ value.y , value.var = 'value.x', fun.aggregate = sum )

Должно возвращать: 

row 1 2 3 4 5
1:   1 1 0 1 1 1
2:   2 0 2 1 0 0
3:   3 1 2 1 1 0
4:   4 0 1 0 1 0
0 голосов
/ 21 июня 2020

Это в основном то же решение, что и Nutle, но с использованием dplyr и tidyr.

Сначала я преобразовываю memb в data.frame: 

memb <- c(1,2,3,4,2,5)
names(memb) <- c("s1", "s2", "s3", "s4", "s5", "s6")

membership <- data.frame(id=names(memb), group=memb)

Затем я присоединяйтесь к нему с помощью d: 

d %>% 
  left_join(membership, by=c("sp" = "id")) %>%
  count(grids, group) %>%
  pivot_wider(names_from="group", 
              names_prefix="s", 
              names_sort=TRUE, 
              values_from="n", 
              values_fill=0)

, что дает 

# A tibble: 4 x 6
  grids    s1    s2    s3    s4    s5
  <chr> <int> <int> <int> <int> <int>
1 v1        1     0     1     1     1
2 v2        0     2     1     0     0
3 v3        1     2     1     1     0
4 v4        0     1     0     1     0
...