Полиномиальная модель Дирихле в ЯГС с категориальным X - PullRequest
0 голосов
/ 13 сентября 2018

Может ли кто-нибудь помочь с кодом JAGS для байесовской полиномиальной логистической модели с одной категориальной переменной X (ранее Дирихле)?Моим типичным примером является матрица "z" в приведенном ниже коде, которая представляет 3 результата, а "site" в нижней строке кода - категориальная переменная x.

Я могу получить код, который оценивает каждыйиз 3 результатов, но я нахожусь в тупике о том, как добавить категорический X (сайт больницы).

Я хотел бы использовать первый результат, z [, 1], в качестве ссылки и «а» какссылка на «сайт».

Вот пример кода, который оценивает результаты (НЕТ категорических X).Это то, что я до сих пор.Буду признателен за любую помощь в расширении этой модели с X.

library('rjags')
z <- matrix(c(rep(1,70), rep(0,30),
         rep(0,70), rep(1,22), rep(0,8),
         rep(0,92), rep(1,8)),
         nrow=100, ncol=3)

## The model ##
modelString = "
model
{
  for (j in 1:K)
  {
  alpha[j] <- 1
  }
  #Prior
  pi ~ ddirch(alpha[1:K])

  for (i in 1:N)
  {
  z[i, 1:K] ~ dmulti(pi, 1)
  }
}
"
writeLines( modelString , con="TEMPmodel.txt" )

#Run jags
jags <- jags.model('TEMPmodel.txt',
                   data = list('z' = z,
                               'N' = nrow(z),
                               'K' = ncol(z)),
                   n.chains = 4,
                   n.adapt = 1000)

mcmc.samples <- coda.samples(jags,
                             c('pi'),
                             2500)
#Estimates are similar to observed data
summary(mcmc.samples)

#5 category predictor hospital site to add to model
set.seed(1)
site <- sample(rep(letters[1:5], 20), 100)
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...