Похоже, у вас есть два варианта (хотя оба решения работают по схожему принципу).
Общее решение (нет пользовательских загрузчиков классов): загрузите ресурс из вашего загрузчика классов приложения. Этого можно достичь, убедившись, что расположение ресурса включено в путь к классу приложения (сохранение ресурса как части файла jar приложения - один из способов достижения этого).
Немного сложнее (с пользовательскими загрузчиками классов): в этом сценарии вы должны убедиться, что путь к ресурсу добавлен в путь к классам всех пользовательских загрузчиков классов. Более простой и понятный подход - определить супер-пользовательский загрузчик классов и унаследовать все другие загрузчики классов от этого супер-загрузчика. И загрузите ресурс в classpath суперклассировщика классов.
К настоящему времени, я надеюсь, у вас есть идея основополагающего принципа: Загрузчики классов смогут загружать данный ресурс, если он виден в пути к классам своих родителей (рекурсивно) или в своих собственных путях к классам.