Ошибка оценки Rcpp: индекс за пределами - PullRequest
Новая
       14

Ошибка оценки Rcpp: индекс за пределами

0 голосов
/ 14 мая 2018

Я хочу использовать пакет "glasso" в коде Rcpp, а код cpp выглядит следующим образом: 

#include <RcppArmadillo.h>
 // [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
List sec(arma::mat x,double lam){
Environment gla("package:glasso");
Function gl=gla["glasso"];
double thr=1e-2;bool approx=0;
bool diag=1; bool nu=0;
List bc(5);
bc=gl(x,lam,nu,thr,thr,approx,approx,nu,nu,diag);
return(bc);}

Но когда я получаю код в R и получаю ошибку отслеживания. 

set.seed(100)
x<-matrix(rnorm(50*10),ncol=10)
s<- var(x)
library(glasso)
a<-sec(s, 0.01)
"Error in sec(s, 0.01) : Evaluation error: subscript out of bounds."

Я проверяю документ пакета "glasso", список результатов содержит 5 значений, поэтому я не понимаю, в чем проблема.

1 Ответ

0 голосов
/ 14 мая 2018

В вашем коде есть пара проблем. Последняя версия функции glasso () возвращает список из 7 (не 5). В своем ответе я буду использовать эту версию glasso () . Чтобы передать значение NULL функции glasso () в вызове Rcpp, используйте R_NilValue . В моем примере я пропустил несколько значений в конце функции списка аргументов glasso (), поскольку я не был уверен, какие значения вы хотите передать (похоже, вы используете более старую версию этого пакета): 

#include <RcppArmadillo.h>
 // [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]
using namespace Rcpp;
// [[Rcpp::export]]
List sec(arma::mat x,double lam){
Environment gla("package:glasso");
Function gl=gla["glasso"];
double thr=1e-2;bool approx=0;
bool diag=1; bool nu=0;
List bc(7);
bc = gl(x, lam, R_NilValue,thr,thr,approx,diag);
return(bc);}

Вот мой код R: 

library(Rcpp)

sourceCpp("test.cpp")

library(glasso)
set.seed(100)
x<-matrix(rnorm(50*10),ncol=10)
s<- var(x)
a<-sec(s, 0.01)


   #output
   a
    # $w
    # [,1]        [,2]         [,3]         [,4]        [,5]        [,6]
    # [1,]  0.680779447  0.33966152 -0.009663187 -0.108946142  0.07360211  0.21757108
    # [2,]  0.339661517  1.43157518 -0.042659411 -0.190859910  0.11234565  0.15097851
    #...
    # 
    # $wi
    # [,1]        [,2]        [,3]         [,4]         [,5]        [,6]
    # [1,]  2.26552621 -0.57002634  0.00000000  0.114629054 -0.159489421 -0.46727499
    # [2,] -0.58556329  1.01623488 -0.04678184  0.236972034  0.000000000 -0.03616841
    #...
    # 
    # $loglik
    # [1] -43.31512
    # 
    # $errflag
    # [1] 0
    # 
    # $approx
    # [1] FALSE
    # 
    # $del
    # [1] 0.008940439
    # 
    # $niter
    # [1] 1
...