rdkit: Как показать количество атомов в молекулярной среде - PullRequest
0 голосов
/ 15 ноября 2018

Hello1 Я пытался использовать пакет rdkit, чтобы завершить работу по отображению чисел атомов атома в блокноте Jupyter, «import IPython.core.interactiveshell» и «import InteractiveShell», а также «из rdkit.Chem.Draw import DrawingOptions»пакеты, затем я использовал "DrawingOptions.includeAtomNumbers = True", чтобы работать, но результат не отображал индекс атомов вообще.Я не знаю, в чем причина того, что число атомов не показывалось.Поэтому я хочу порадовать вас дать подходящий ответ.Большое спасибо!

1 Ответ

0 голосов
/ 02 декабря 2018

Это работает для меня в ноутбуке Jupyter:

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import Draw

smiles = 'O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O'
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
Draw.MolToImage(mol, includeAtomNumbers=True)
...