Если вы открыты для использования библиотеки для ведения журнала вместо appendfile.Вы можете использовать winston с Ежедневным поворотом файла транспорта , где вы можете ограничить размер файла на 5MB
или на количество дней или на оба.
Я бы предложил заархивировать логи и хранить их в течение нескольких дней / недель, а также настроить задачу cron или что-то, что удаляло старые файлы.Если вы действительно хотите удалить все журналы, вы можете удалить их при повороте
transport.on('rotate', function(oldFilename, newFilename) {
fs.unlinkSync('<log-file-name>')
});
Обычно ротация журналов обрабатывается операционной системой с использованием чего-то вроде logrotate