Я знаю, что ответ поздно, но!
Если вы делаете appendFile или appendScript, используется следующий доступный индекс. Таким образом
$this->headScript()->offsetSetFile(50, 'file');
$this->headScript()->appendFile('file2');
эквивалентно
$this->headScript()->offsetSetFile(50, 'file');
$this->headScript()->offsetSetFile(51, 'file2');
Также важно отметить, что код контроллера выполняется первым перед кодом вида / макета. Таким образом, в вашем случае ваши приложения фактически используют идентификаторы 1000 и 1001. Быстрое решение этой проблемы - просто явно использовать offsetSetFile для всех ваших добавлений. Таким образом, ваш код в вашем макете будет выглядеть так:
<?=
$this->headScript()
->prependScript( 'BASE_URL = "' . $this->baseUrl() . '";' )
->offsetSetFile(500, $this->baseUrl('js/lib/jquery/jquery-1.4.2.min.js') )
->offsetSetFile(501, $this->baseUrl('js/admin.js') );
?>
Надеюсь, это поможет будущему гуглеру