Поймите, что это старо, но если вам интересно, это должно сработать или, по крайней мере, начать.
Я не уверен, какие именно выходы вы ищете, но Wxx - это скейлограмма (двумерный массив в частотно-временном пространстве, похожий на спектрограмму).
Если вам нужен фазовый угол и модуль, как показано на странице справки Matlab, вы можете использовать следующий вейвлет: 'cmor30.0-60000.0'
Где 30 - желаемая полоса пропускания (думаю, ширина окна БПФ), а 60000 - центральная частота вейвлета.
import pywt
import numpy as np
fs=1e3
s0=6/fs
smax=3000
wave='morl'
scales=np.arange(s0,smax,1/fs)
Wxx,freq=pywt.cwt(data,scales,wave,sampling_period=1/fs)
freq=freq*fs