Я бы начал с того, чтобы убедиться, что все соответствующие пакеты обновлений применены и что на самом деле на платформе установлена платформа 3.5.
Кроме того, убедитесь, что любая сборка, на которую вы ссылаетесь, которая не является частью вашего развертывания, gac'd на машине. Проверьте номера версий.
При прочих равных, я думаю, сервер просто устарел в своих обновлениях.