Вы можете использовать SimpleITK , вот пример кода для изменения и записи файлов DICOM.
Вам нужно будет сохранить слайс за слайсом, если изображение 3D, как вы видите по предоставленной ссылке.
Для чтения просто используйте filtered_image = sitk.ReadImage("file.nii")
вместо filtered_image = sitk.DiscreteGaussian(image3D)
и продолжайте выполнение сценария с этой точки.