Насколько я знаю, WatiN - это среда тестирования веб-приложений, но ваш вопрос, похоже, указывает на то, что вы используете WatiN для автоматизации задач в вашем приложении. В этом контексте я постараюсь ответить на ваш вопрос.
Приложение Silverlight выполняется в изолированной среде и не может запускать новые процессы на локальном компьютере. Однако приложение Silverlight может взаимодействовать с объектной моделью браузера, которая используется для размещения приложения Silverlight. Это учитывает некоторое взаимодействие с местной средой. Если вы можете вписать использование WatiN в эту модель, вы можете сделать это из Silverlight, но в целом вы должны рассмотреть приложение Silverlight, чтобы жить в изолированной среде.