Хитрость заключается в том, чтобы иметь строку подключения в клиентском проекте, в вашем случае в проекте MVC. Либо в файле web.config, либо в app.config. В вашем случае это файл web.config. Затем вы можете безопасно генерировать ваши классы EntityFramework в вашей библиотеке классов и ссылаться на них из любого типа проекта.