поиск каждого шаблона в наборе последовательностей - PullRequest
Новая
       9

поиск каждого шаблона в наборе последовательностей

0 голосов
/ 16 мая 2018

Я пытаюсь найти шаблон в наборе последовательностей. То, что я пытаюсь сделать, - это сначала взять 1-ю последовательность шаблона и сопоставить ее со всеми субъектами по одному и дать вывод (p1 против s1, p1 против s2, p1 против s3, p1 против s4), затем 2-й шаблон и сопоставление со всеми субъектами (p2 против s1, p2 против s2, p2 против s3, p2 против s4) и т. Д., Т.е. итеративным образом. Входные данные (шаблон и субъекты) - это экземпляр DNAstringSet (Biostrings).

Я использовал функцию 

mat=nucleotideSubstitutionMatrix(match=2,mismatch = -3,baseOnly = TRUE)
localAlign=pairwiseAlignment(pattern,subject,type="local",
                             substitutionMatrix=mat,
                             gapOpening=-5, gapExtension=-2)

Но в этом случае он действительно соответствует p1 против s1, p2 против s2, p3 против s3 и p4 против s4

Пример:

ввод: рисунок 

A DNAStringSet instance of length 734
      width seq                                                                         names               
  [1]  1000 GGTAAGAGTTTCTTAACAGATCTCAACATTTGCTATATAC...AGATTATTTGTCCTTTGAGATAAAATTACCAC P1 
  [2]  1000 TGTAAGTAATACTTAATGGTAATTTTTGTTTTCTCTTTCA...AGAAGCAAGGAGACCCGTTAGAGGAAGCATCC P2
  [3]  1000 GGTGAGTGTATGATTGATAACTAATCTCTTAGATTAACCA...CATGATATGAAATGGTTCCTAAAGATCCAGAC P3
  [4]  1000 GGTGAGCAAAATCAAGCAATGCATTGTTTGTTTTGGAGGG...CTATTTATGTACTACCTTTTTTTTTTAGAAAA P4

вход: субъект 

A DNAStringSet instance of length 1000
       width seq                                                                        names               
   [1]  1000 GTAGGTACCTGGGAATTCACAAATTAAGACTTTTGAATA...TTCTTATTCAACCGTAGTAACATTAGATGAATA S1
   [2]  1000 GTGAGCGCTGCTGCCCAAGCCGCCTGGCTATGCTCGATT...AGATGGCCTTTTCTCTCAGCCCACTGTGACCTA S2
   [3]  1000 GTAAGTACAGGCTGAAAGTTACATGCTCTCCAAGGGTGA...ACATAGTAATGAATAGACTTTCAGACACAGCAT S3
   [4]  1000 GTAAGTTGCTTGTTTCTTAAATGTTAGGATCTATTACTT...AACAATATAGGTAAGTCTAGCCCTCAAGGCGCT S4

1 Ответ

0 голосов
/ 16 мая 2018

Если я правильно понял ваш вопрос, вы можете попробовать это.

library(dplyr)

df <- pattern_df %>%
  left_join(subject_df, "seq") %>%
  group_by(width.x, seq, names.x) %>%
  summarise(subject_names = paste(names.y, collapse=",")) %>%
  `colnames<-`(c("width", "seq", "names", "subject_names"))

Вывод: 

> df
  width seq                                                                         names subject_names     
1  1000 GGTAAGAGTTTCTTAACAGATCTCAACATTTGCTATATAC...AGATTATTTGTCCTTTGAGATAAAATTACCAC P1    NA           
2  1000 GGTGAGCAAAATCAAGCAATGCATTGTTTGTTTTGGAGGG...CTATTTATGTACTACCTTTTTTTTTTAGAAAA P4    S5,S6        
3  1000 GGTGAGTGTATGATTGATAACTAATCTCTTAGATTAACCA...CATGATATGAAATGGTTCCTAAAGATCCAGAC P3    NA           
4  1000 TGTAAGTAATACTTAATGGTAATTTTTGTTTTCTCTTTCA...AGAAGCAAGGAGACCCGTTAGAGGAAGCATCC P2    NA

Пример данных: ( примечание , которое у меня естьдобавил еще две строки в конце в subject_df) 

pattern_df <- structure(list(width = c(1000L, 1000L, 1000L, 1000L), seq = c("GGTAAGAGTTTCTTAACAGATCTCAACATTTGCTATATAC...AGATTATTTGTCCTTTGAGATAAAATTACCAC", 
"TGTAAGTAATACTTAATGGTAATTTTTGTTTTCTCTTTCA...AGAAGCAAGGAGACCCGTTAGAGGAAGCATCC", 
"GGTGAGTGTATGATTGATAACTAATCTCTTAGATTAACCA...CATGATATGAAATGGTTCCTAAAGATCCAGAC", 
"GGTGAGCAAAATCAAGCAATGCATTGTTTGTTTTGGAGGG...CTATTTATGTACTACCTTTTTTTTTTAGAAAA"
), names = c("P1", "P2", "P3", "P4")), .Names = c("width", "seq", 
"names"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -4L))
#  width                                                                         seq names
#1  1000 GGTAAGAGTTTCTTAACAGATCTCAACATTTGCTATATAC...AGATTATTTGTCCTTTGAGATAAAATTACCAC    P1
#2  1000 TGTAAGTAATACTTAATGGTAATTTTTGTTTTCTCTTTCA...AGAAGCAAGGAGACCCGTTAGAGGAAGCATCC    P2
#3  1000 GGTGAGTGTATGATTGATAACTAATCTCTTAGATTAACCA...CATGATATGAAATGGTTCCTAAAGATCCAGAC    P3
#4  1000 GGTGAGCAAAATCAAGCAATGCATTGTTTGTTTTGGAGGG...CTATTTATGTACTACCTTTTTTTTTTAGAAAA    P4


subject_df <- structure(list(width = c(1000L, 1000L, 1000L, 1000L, 1000L, 1000L
), seq = c("GTAGGTACCTGGGAATTCACAAATTAAGACTTTTGAATA...TTCTTATTCAACCGTAGTAACATTAGATGAATA", 
"GTGAGCGCTGCTGCCCAAGCCGCCTGGCTATGCTCGATT...AGATGGCCTTTTCTCTCAGCCCACTGTGACCTA", 
"GTAAGTACAGGCTGAAAGTTACATGCTCTCCAAGGGTGA...ACATAGTAATGAATAGACTTTCAGACACAGCAT", 
"GTAAGTTGCTTGTTTCTTAAATGTTAGGATCTATTACTT...AACAATATAGGTAAGTCTAGCCCTCAAGGCGCT", 
"GGTGAGCAAAATCAAGCAATGCATTGTTTGTTTTGGAGGG...CTATTTATGTACTACCTTTTTTTTTTAGAAAA", 
"GGTGAGCAAAATCAAGCAATGCATTGTTTGTTTTGGAGGG...CTATTTATGTACTACCTTTTTTTTTTAGAAAA"
), names = c("S1", "S2", "S3", "S4", "S5", "S6")), .Names = c("width", 
"seq", "names"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -6L))
#  width                                                                         seq names
#1  1000 GTAGGTACCTGGGAATTCACAAATTAAGACTTTTGAATA...TTCTTATTCAACCGTAGTAACATTAGATGAATA    S1
#2  1000 GTGAGCGCTGCTGCCCAAGCCGCCTGGCTATGCTCGATT...AGATGGCCTTTTCTCTCAGCCCACTGTGACCTA    S2
#3  1000 GTAAGTACAGGCTGAAAGTTACATGCTCTCCAAGGGTGA...ACATAGTAATGAATAGACTTTCAGACACAGCAT    S3
#4  1000 GTAAGTTGCTTGTTTCTTAAATGTTAGGATCTATTACTT...AACAATATAGGTAAGTCTAGCCCTCAAGGCGCT    S4
#5  1000 GGTGAGCAAAATCAAGCAATGCATTGTTTGTTTTGGAGGG...CTATTTATGTACTACCTTTTTTTTTTAGAAAA    S5
#6  1000 GGTGAGCAAAATCAAGCAATGCATTGTTTGTTTTGGAGGG...CTATTTATGTACTACCTTTTTTTTTTAGAAAA    S6
...