Это выстрел в темноте, так как я не знаю WCF, но знаю подпись SOAP-сообщения.
Обязательный атрибут - это атрибут "Id" или "wsu: Id" в вашем элементе тела SOAP. Подпись будет использовать этот идентификатор в качестве ссылки для подписываемых данных. В примере, который вы разместили, это делается для элемента wsu: Timestamp - он имеет идентификатор
wsu:Id="Timestamp-1"
И тогда подпись использует это как ссылку:
<ds:Reference URI="#Timestamp-1">
И в примере подпись также ссылается:
<ds:Reference URI="#id-3">
Который, как я полагаю, является идентификатором тела примера.
Я не уверен, как API вашего инструментария подключается к идентификаторам, но он вам обязательно понадобится для всего, что вы подпишете.
EncodingType и ValueType немного сложнее. Боюсь, я этого не знаю. Мое искушение было бы попытаться получить правильные идентификаторы, а затем посмотреть, все ли встало на свои места. Это может.