R Code adehabitatHR - Сетка слишком мала для оценки внутреннего диапазона ядраUD / getverticeshr / adehabitatHR - PullRequest
Новая
       53

R Code adehabitatHR - Сетка слишком мала для оценки внутреннего диапазона ядраUD / getverticeshr / adehabitatHR

0 голосов
/ 16 сентября 2018

Извините, за мой новый вопрос.Я все еще учусь, как проводить пространственный анализ в R. Я понимаю, что этот вопрос уже задавался ( здесь ).

Цель : я не могу запустить этот код с смоделированными данными в параметрах специально для моих значений долготы (X) (см. Строку: 24).Я хотел бы построить домашний диапазон с моделируемыми данными (ниже).

Ошибка : "Ошибка в getverticeshr.estUD (x [[i]], проценты, ida = names (x) [i], unin,: Сетка слишком мала, чтобы разрешитьоценка home-range. Вам следует перезапустить kernelUD с большим параметром экстента "

# 1. Packages
library(adehabitatHR)         # Package for spatal analysis

# 2. Empty Dataframe
points <- data.frame(ID = double())
XY_cor <- data.frame(X = double(),
                 Y = double())
# 3. Assigning values (this will be our spatial coordinates)
set.seed(17)
for(i in c(1:100)){
  if(i >= 50){points[i, 1] <- 1}
  else {points[i, 1] <- 2}

  XY_cor[i, 1] <- runif(1, -78.86887, -78.86440) ## error is here!
  XY_cor[i, 2] <- runif(1, 0.958533, 0.960777)} 

# 4. Transform to SpatialDataframe
coordinates(points) <- XY_cor[, c("X", "Y")]
class(points)

# 5. Domain
x <- seq(-80.0, -77.0, by=1.) # resolution is the pixel size you desire 
y <- seq(-200, 200, by=1.)
xy <- expand.grid(x=x,y=y)
coordinates(xy) <- ~x+y
gridded(xy) <- TRUE
class(xy)

# 6. Kernel Density
kud_points <- kernelUD(points, h = "href", grid = xy)
image(kud_points)

# 7. Get the Volum
 vud_points <- getvolumeUD(kud_points)

# 8. Get contour
levels <- c(50, 75, 95)
list <- vector(mode="list", length = 2)

list[[1]] <- as.image.SpatialGridDataFrame(vud_points[[1]])
list[[2]] <- as.image.SpatialGridDataFrame(vud_points[[2]])

# 9. Plot
par(mfrow = c(2, 1))
image(vud_points[[1]])
contour(list[[1]], add=TRUE, levels=levels)
image(vud_points[[2]])
contour(list[[2]], add=TRUE, levels=levels)


# 10. Get vertices 
vkde_points <- getverticeshr(kud_points, percent = 50,
                         unin = 'm', unout='m2')
plot(vkde_points)

1 Ответ

0 голосов
/ 06 декабря 2018

Я смог решить это с помощью следующего кода.Надеюсь, что это может помочь другим с той же проблемой!Мне пришлось вручную изменить разрешение моей ограничительной рамки.

5.Домен 

x <- seq(737326.0, 737639.6, by=5)        
y <-seq(106071.4, 106259.9, by=5)
xy <- expand.grid(x=x,y=y)
coordinates(xy) <- ~x+y    
gridded(xy) <- TRUE
...