Экспорт контурного графика оценки плотности ядра в растровый или шейп-формат - PullRequest
Новая
       44

Экспорт контурного графика оценки плотности ядра в растровый или шейп-формат

0 голосов
/ 17 января 2020

Я пытаюсь выполнить оценку плотности ядра в R, используя некоторые имеющиеся у меня данные GPS. Моя цель - создать контурный вывод, каждая строка которого представляет 10% от KDE. Отсюда я хочу импортировать вывод (как шейп-файл или растр) в QGIS или arcmap, чтобы я мог наложить вывод поверх существующих слоев среды.

До сих пор я использовал AdehabitatHR для создания следующего вывода используя следующий код: 

kud<-kernelUD(locs1[,1], h="href")
vud<-getvolumeUD(kud)
vud <- estUDm2spixdf(vud)
xyzv <- as.image.SpatialGridDataFrame(vud)
contoured<-contour(xyzv, add=TRUE)

enter image description here

Помимо возможности удалить цвет, вот как я могу sh выводить на экран (или рядом с). Однако я изо всех сил пытаюсь выяснить, как я могу экспортировать это как шейп-файл или растр? Любые предложения будут с благодарностью приняты.

1 Ответ

1 голос
/ 31 января 2020

С пакетом amt это должно быть относительно просто: 

library(adehabitatHR)
library(sf)
library(amt)

data("puechabonsp")
relocs <- puechabonsp$relocs


hr <- as.data.frame(relocs) %>% make_track(X, Y, name = Name) %>% 
  hr_kde(trast = raster(amt::bbox(., buffer = 2000), res = 50)) %>% 
  hr_isopleths(level = seq(0.05, 0.95, 0.1))

# Use the sf package to write a shape file, or any other supported format

st_write(hr, "~/tmp/home_ranges.shp")

Обратите внимание, что также относительно просто построить 

library(ggplot2)
ggplot(hr) + geom_sf(fill = NA, aes(col = level))
...