Прогнозирование пептидного сигнала с использованием машинного обучения

Question

Может ли кто-нибудь подсказать мне, как я могу предсказать сигнальный пептид из последовательности белка, используя технику машинного обучения?

Любое руководство, справочник или учебное пособие будет очень полезным.

Спасибо заранее.

Answer 1

Существует множество инструментов для предсказания сигнальных пептидов. Я бы использовал их в первую очередь. Большинство сигнальных пептидов также аннотированы в базе данных Uniprot.

Но если вы решите пойти дальше в развитии этого, вам сначала нужно будет создать набор данных сигнальных пептидных последовательностей в контексте полных белковых последовательностей. Затем я обучил бы рекуррентную нейронную сеть на этих последовательностях с полной последовательностью белка в качестве входной и сигнальной вероятности пептида в качестве выходной. Это, вероятно, не будет работать из коробки, поэтому вам нужно будет немного поработать.