Я думаю, что вы можете подключиться к событию фильтра uikit, чтобы вызвать и запустить новую галерею:
// Gallery container
var $lg = $('.js-filter');
// Initialize the gallery for all the elements
$lg.lightGallery({
selector: 'li',
thumbnail: false
});
// After uikit filter is applied
$('[uk-filter]').on('afterFilter', function() {
// Destoy the previously created gallery
$lg.data('lightGallery').destroy(true);
// Initialize new gallery with just the visible items
$lg.lightGallery({
selector: 'li:visible',
thumbnail: false
});
});