R Как визуализировать парное выравнивание

Question

Как визуализировать полное выравнивание двух последовательностей?

library(Biostrings)
s1 <-DNAString("ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAGAAGACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAG")
s2 <-DNAString("GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC")
pairwiseAlignment(s1,s2)

Вывод:

Global PairwiseAlignmentsSingleSubject (1 of 1)
pattern: [1] ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGT--TTTCAC---...CTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTG-ATCAAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAG 
subject: [1] GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAAT-ATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTA...TATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC 
score: -394.7115 

Здесь показана только часть выравнивания?Знаете ли вы о каких-либо существующих функциях, которые либо отображают, либо печатают выравнивание?

Answer 1

Вы можете найти информацию и подробности о том, как извлечь выровненный шаблон и предметные последовательности в ?pairwiseAlignments.

Вот пример на основе предоставленных вами образцов данных:

1. Сохранение попарного выравнивания в PairwiseAlignmentsSingleSubject объекте

   alg <- pairwiseAlignment(s1,s2)
   

2. Извлеките выровненный образец и предметные последовательности и объедините их в DNAStringSet объект.

   seq <- c(alignedPattern(alg), alignedSubject(alg))
   

3. Вы можете получить доступ к полным последовательностям с помощью as.character

   as.character(seq)
   [1] "ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGT--TTTCAC--------TTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATC---AAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAGAAGACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTG-ATCAAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAG"
   [2] "GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAAT-ATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAA-ATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC"
   

   Кажется, что alignedPattern и alignedSubject были добавлены к Biostrings совсем недавно.В качестве альтернативы вы можете сделать

   seq <- c(aligned(pattern(alg)), aligned(subject(alg)))
   

   , но учтите, что это обрезает глобально выровненные последовательности (см. details ).

4. Существует замечательный пакет R / Bioconductor DECIPHER, который предлагает метод визуализации данных XStringSet в веб-браузере.Он автоматически добавляет цветовое кодирование и согласованную последовательность внизу.В вашем случае вы бы сделали

   library(DECIPHER)
   BrowseSeqs(seq)