SingleCellExperiment. Почему мне не удается изменить имена и имена столбцов в моем эксперименте с одной ячейкой? - PullRequest
Новая
       104

SingleCellExperiment. Почему мне не удается изменить имена и имена столбцов в моем эксперименте с одной ячейкой?

0 голосов
/ 30 мая 2020

Мне нужно манипулировать некоторыми данными, чтобы получить представление об аденокарциноме. Чтобы получить больше информации, я должен манипулировать своими данными. До сих пор мой конвейер выглядел следующим образом: 

nsclc <- read.table("D:\\Bioinformatica\\Project Work and PhD Proposal\\Data\\Data Extracted\\GSE143423_lbm_scRNAseq_gene_expression_counts.csv",
header=TRUE,sep=",")

meta_1 <- read.table("D:\\Bioinformatica\\Project Work and PhD Proposal\\Data\\Data Extracted\\GSE143423_lbm_scRNAseq_metadata.csv",
header = TRUE,sep =",")

meta_1$X <- NULL
#......Creation of first Single cell Experiment

sce_lc <- SingleCellExperiment(
assays = list(counts = as.matrix(nsclc)),
rowData =nsclc[1:dim(nsclc)[1],1] %>% data.frame ,
colData = cell <- paste0("cell_",1:dim(nsclc)[2]) %>% data.frame,metadata = meta_1)

, когда я исследую эксперимент sce_l c, никаких изменений в именах строк не наблюдается, как и в именах столбцов. Кто-нибудь может мне помочь?

1 Ответ

2 голосов
/ 30 мая 2020

Вам нужно назвать строки вашей матрицы. прочтите виньетку перед тем, как отправиться в путешествие. rowData и colData - это что-то еще. Вы можете просто указать имена строк и столбцов вашей матрицы перед их вставкой. И избегайте каналов при создании объекта ... некоторые из назначений действительно странные: 

library(SingleCellExperiment)

nsclc = data.frame(what=paste0("gene",1:100),
matrix(rnbinom(1000,mu=100,size=1),ncol=10,nrow=10))
meta_1 = data.frame(id=1:10,var=letters[1:10])

rownames(nsclc) = as.character(nsclc[,1])
colnames(nsclc) = paste0("cell_",1:ncol(nsclc))

sce_lc <- SingleCellExperiment(
assays = list(counts = as.matrix(nsclc[,-1])),
metadata = meta_1)

class: SingleCellExperiment 
dim: 100 10 
metadata(2): id var
assays(1): counts
rownames(100): gene1 gene2 ... gene99 gene100
rowData names(0):
colnames(10): cell_2 cell_3 ... cell_10 cell_11
colData names(0):
reducedDimNames(0):
spikeNames(0):
...