Чистая установка с R 4.0 на Sierra и начало повторной установки пакетов. Мне нужно использовать DESeq2 и получить ошибку
> In install.packages(...) :
> installation of package ‘GenomeInfoDbData’ had non-zero exit status
Когда я компилирую, у меня возникает эта ошибка:
> Loading required package: GenomicRanges Loading required package:
> GenomeInfoDb Error: package or namespace load failed for
> ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()),
> versionCheck = vI[[i]]): there is no package called
> ‘GenomeInfoDbData’ Error: package ‘GenomeInfoDb’ could not be loaded
Я установил биокондуктор с:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.11")
И DESeq2 через BiocManager: я пробовал BiocManager::install("DESeq2") и BiocManager::install(c("GenomeInfoDb","GenoneInfoDbData")
Когда я устанавливаю, он печатает это 'dbplyr', 'foreign', 'haven', 'httpuv', 'nlme', ' rtracklayer '- старые пакеты, и как бы я ни пытался их обновить, он выдает одно и то же предупреждение.
Заранее спасибо -