Для этого я использовал следующий код Bash:
apps=`asadmin list-applications -t --user=admin --passwordfile=password.txt`
for app in $apps
do
if [ $app = "the_name_of_your_app" ]
then
asadmin --user=admin --passwordfile=password.txt undeploy the_name_of_your_app
fi
done;
PS: содержимое password.txt представляет собой одну строку: AS_ADMIN_PASSWORD=admin
Надеюсь, это кому-нибудь когда-нибудь поможет =)