Мне кажется, что вы обновляете номер версии сборок, и вы обновляете номер версии пакета MSI, но вы не меняете ProductCode.
Если вы измените ProductCode, вы включите «Основное обновление», и это сообщение об ошибке исчезнет.
Если вы не измените ProductCode, вам потребуется запустить командную строку, например:
msiexec.exe -i mymsifile.msi REINSTALL=ALL REINSTALLMODE=vomus
Это называется «Незначительное обновление».
См. Статьи MSDN по Незначительное обновление и Основное обновление для уточнения.