Возьмите System.dll
для примера:
Я нашел один здесь: C:\Program Files (x86)\Reference Assemblies\Microsoft\Framework\.NETFramework\v4.0\Profile\Client\System.dll
один здесь: C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\System.dll
и один здесь: C:\Windows\Microsoft.Net\assembly\GAC_MSIL\System\v4.0_4.0.0.0__b77a5c561934e089\System.dll
Почему у нас не может быть только одного в GAC?