Использовать loadresource , например создайте новое свойство foobar из существующего свойства foo:
<project>
<property name="foo" value="hotfix_master_02.sql${line.separator}hotfix_master_07.sql${line.separator}hotfix_metadb_03.sql"/>
<loadresource property="foobar">
<propertyresource name="foo"/>
<filterchain>
<replacestring byline="false" from="${line.separator}" to=","/>
</filterchain>
</loadresource>
<echo>${foobar}</echo>
</project>
выход
[echo] ${foobar}} => hotfix_master_02.sql,hotfix_master_07.sql,hotfix_metadb_03.sql
Должно также работать, если свойство foo загружено из файла.